皖南医学院审计处成立于2012年，内设综合审计科、工程审计科两个科室，是学校负责内部审计工作的职能部门。主要开展财务收支审计、基建修缮工程竣工结算审计、干部经济责任审计、科研项目经费审计等工作。

审计处全体同志坚持“ 以审计精神立身，以创新规范立业，以自身建设立德 ”的审计三立观，遵守各项法律法规，遵守审计职业道德规范，以过硬的专业素质和业务能力，认真履行“服务、监督、评价、促进”的审计职能，积极探索内部审计工作的新思路与新方法，切实发挥内部审计“免疫”功能，为防范学校经济风险、保障教育事业健康发展、提高教育资金使用效益、学校干部队伍建设和廉政建设等提供服务。